Kościół zaprojektowany przez p. inż. arch. Murczyńskiego, a rozpracowany przez inż. B. Nowaka z Masłomiącej, zalicza się do kościołów stylu bazylikowego. Jest on budowlą nowoczesną i śmiałą w rozwiązaniach jak na czasy, w których powstawał. Cechuje się harmonią, która sprzyja skupieniu i nadaje przestrzeni wymiar miejsca świętego. Zaletą jego jest także funkcjonalność, wynikająca przede wszystkim z dobrej akustyki i dobrej widoczności ołtarza prawie z każdego miejsca kościoła.
Wpływająca na walory estetyczne i majestatyczność świątyni jej wysokość, ze strony praktycznej stanowi poważny problem, gdy chodzi o ogrzanie powietrza w środku kościoła w zimie. Wnętrze kościoła zostało uformowane na rzucie krzyża, tworząc jednorodną przestrzeń świątyni, z wydzieloną z lewej strony prezbiterium kaplicą przeznaczoną na codzienny użytek (nabożeństwa w małych grupach, katecheza, spotkania formacyjne itd.).
Całościowy wystrój kościoła w Michałowicach zrealizowano w latach 1990-95. Elementy tego wystroju wykonane są w trwałych technikach plastycznych - mozaika ceramiczna, sgrafitto, witraż. Graficzne ryty w tynkach kolorowych nawiązują do maryjnego tytułu świątyni, kolejne sceny w czaszy kopuły to: Zwiastowanie, Nawiedzenie, Boże Narodzenie, Ofiarowanie, Znalezienie w Świątyni, cud w Kanie...
Prezbiterium kościoła ma charakter chrystocentryczny. Uwielbiony Chrystus (rzeźba Tadeusza Szpunara) ukazuje swoje chwalebne rany. W tle mozaikowym są zobrazowane objawienia Chrystusa po zmartwychwstaniu (chrystofania). Tabernakulum wraz z oprawą mówi o wieczorze w Emaus - jak po łamaniu chleba uczniowie poznali Pana, ten znak jest i dla nas ciągle żywy (tabernakulum wykonano w pracowni Andrzeja Szpunara w Przemyślu).
Na bocznych ścianach prezbiterium znajdują się mozaiki o tematyce eucharystycznej: rozmnożenie chleba, ostatnia wieczerza. W lewym ramieniu transeptu umieszczony jest ołtarz patronki parafii i kościoła: Matki Bożej Królowej Polski. Obraz jest wierną kopią obrazu Jasnogórskiego wykonaną przez ks. dr. J.A. Nowobilskiego. Tło obrazu - to wielka opowieść o licznych sanktuariach polskich, gdzie króluje Matka, ta sama co w Jasnogórskim klasztorze.
Przeciwległe ramię transeptu poświęcone jest Św. Bratu Albertowi, jego grób w kościółku ECCE HOMO jest tak blisko Michałowic. Mozaika snuje opowieść o jego życiu i świętości: powstaniec, malarz, tercjarz posługujący ubogim w ogrzewalni i na krakowskim Kazimierzu.
Mozaikowa droga krzyżowa spina jak klamrą całe wnętrze. W witrażowych oknach przesuwają się postacie świętych polskich idących po polskiej ziemi, od czasów wojciechowych aż po współczesne dni (sługa Boży, kard. Wyszyński i Ojciec Św.)
Boczna kaplica poświęcona jest Miłosierdziu Bożemu. Na ścianach wykonane zostały rysunki grafitowe ilustrujące przypowieści ewangeliczne mówiące o Bogu Miłosiernym.
Ostatnią wielką inwestycją była fundacja wielkich drzwi do kościoła (odlew mosiężny wykonany w pracowni A. Szpunara). Tematem ich są święta maryjne w kalendarzu liturgicznym. Wysoko na frontonie kościoła ustawiony posąg Królowej Polski błogosławi parafii michałowickiej (dzieło T. Śliwy).